新生儿拉肚子，需在医师指导下通过控制感染、饮食疗法、液体疗法等进行治疗。
一、控制感染：
1.若为细菌感染，在医师指导下，针对鼠伤寒沙门氏菌可口服羟氨苄青霉素，重症病例可口服第三代头孢菌素；对于空肠弯曲菌可使用大环内酯类药物，新花青素II和万古霉素可用于金黄色葡萄球菌肠炎。
2.若因抗生素引发二重真菌感染，则需停止使用抗生素来治疗真菌性肠炎，同时口服制霉菌素。
二、饮食疗法：
1.继续母乳喂养，对于严重腹泻、呕吐的患者，可禁食4至6小时，但不能禁水。
2.如果禁食时间不超过6小时，之后应尽快恢复饮食。
三、液体疗法：
1.从腹泻开始，就要口服足够的液体以预防脱水。母乳喂养的婴儿应继续母乳喂养，增加喂养频率，延长单次喂养时间；混合喂养的婴儿在母乳喂养基础上，给予口服补液器或其他清洁饮用水。
当然，若是母乳喂养引起的生理性腹泻，通常无需特别处理。
总之，当新生儿拉肚子时，应在医师指导下采取对症治疗措施。需注意根据具体情况合理选择治疗方法，以保障新生儿的健康。