新生儿拉肚子可能由消化不良、肠道菌群失调、肠炎等原因导致，应依据具体原因遵医嘱用药治疗，具体如下：
一、消化不良：新生儿的消化能力相对较弱，较易出现消化不良从而引起拉肚子。可给予如下药物治疗：
1.四磨汤口服液：能顺气降逆、消积止痛等。
2.蒙脱石散：有收敛止泻的作用。
3.双歧杆菌：可调节肠道菌群。
二、肠道菌群失调：肠道内有害细菌增多时，可能引发拉肚子。可采用以下药物进行止泻治疗：
1.益生菌，如布拉氏酵母菌：有助于恢复肠道菌群平衡。
2.枯草杆菌二联活菌颗粒：能改善肠道微生态。同时结合蒙脱石散。
三、肠炎：肠道受到细菌感染会导致拉肚子，可给予以下治疗：
1.头孢克洛颗粒：起到抗菌消炎的作用。
2.蒙脱石散：用于止泻。
3.布拉氏酵母菌：调节肠道菌群。对于较为严重的腹泻，还需静脉滴注补充葡萄糖、氯化钾等，以防脱水和电解质紊乱。
以上用药均需在医生指导下进行，切不可自行随意用药。总之，当新生儿出现拉肚子时，要明确原因，针对性地进行治疗和用药，以保障新生儿的健康。