酵素梅可能存在一些副作用。一般来说，过量食用酵素梅可能会导致胃肠道不适，比如约30%食用者可能出现腹泻情况。
对胃肠道的影响
胃肠刺激： 酵素梅中含有的某些成分可能会刺激胃肠道黏膜。部分人食用后会出现腹痛、腹胀等症状，尤其是本身胃肠道比较敏感的人群，更容易受到影响。肠道菌群失调： 长期大量食用酵素梅，可能会破坏肠道内正常的菌群平衡。正常肠道菌群对维持肠道健康很重要，一旦失调，可能会引发便秘等问题，影响肠道的正常消化和吸收功能。
对营养吸收的干扰
影响矿物质吸收： 有研究发现，酵素梅中的某些物质可能会干扰人体对一些矿物质的吸收，例如钙、铁等。长期可能会导致人体出现矿物质缺乏的情况，影响骨骼健康、血液携氧等功能。阻碍营养物质消化： 酵素梅中的成分可能会影响消化酶的正常功能，从而阻碍食物中营养物质的消化。使得蛋白质、碳水化合物等营养物质不能被充分消化吸收，长此以往会影响身体的营养状况。
对特殊人群的风险
孕妇和哺乳期女性： 孕妇和哺乳期女性食用酵素梅需要格外谨慎。目前关于酵素梅对这两类特殊人群的安全性研究相对较少，不确定其是否会通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿的健康，所以这类人群应避免随意食用酵素梅。儿童： 儿童的消化系统还未发育完全，食用酵素梅更容易出现不良反应。比如可能导致儿童胃肠道功能紊乱，影响正常的生长发育所需营养的摄取，所以不建议儿童食用酵素梅。