肾积水通常是由尿路梗阻引起的，比如约有80%的肾积水是由尿路结石导致的，结石会堵塞输尿管，使得尿液排出受阻，进而引发肾积水。
一、泌尿系统自身病变导致
肾盂输尿管连接部狭窄：这是比较常见的先天性因素，胎儿在发育过程中，肾盂和输尿管连接的部位出现狭窄，就会影响尿液从肾盂流入输尿管，长时间下来就会造成肾积水，这种情况在婴幼儿中相对多见。输尿管自身病变：像输尿管肿瘤，肿瘤生长会占据输尿管空间，阻碍尿液通过；还有输尿管炎性狭窄，由于炎症反复刺激，输尿管管壁增厚、狭窄，也会引起肾积水。
二、外部病变压迫泌尿系统
盆腔肿瘤压迫：女性如果患有子宫肌瘤、卵巢肿瘤等盆腔内的肿瘤，当肿瘤生长到一定大小，可能会压迫到旁边的输尿管，使得输尿管通畅性受到影响，从而引发肾积水。一般肿瘤体积越大，压迫越明显。腹膜后纤维化：这是一种自身免疫性疾病相关的病变，腹膜后组织发生纤维化，会包裹、压迫输尿管，导致尿液排出不畅，进而出现肾积水，这种情况发病率相对较低，但也需要重视。
三、神经源性膀胱导致
神经源性膀胱：由于神经系统病变，比如脊髓损伤、帕金森病等，会影响膀胱的排尿功能，使得膀胱不能正常有效地排空尿液，尿液会反流到输尿管甚至肾盂，长期下去就会引起肾积水。这类患者往往还伴有排尿困难、尿失禁等其他排尿异常表现。