肾上积水通常是泌尿系统存在梗阻导致尿液排出不畅引起的。比如尿路结石是常见原因之一，结石会堵塞输尿管，使尿液无法顺利通过，进而造成肾盂积水，据统计，约有40% - 60%的肾积水由尿路结石引发。
一、泌尿系统结石导致
肾结石：肾脏内形成的结石会阻碍尿液从肾盂流入输尿管，常见的草酸钙结石、尿酸结石等都可能引发肾积水。结石较小的时候可能会刺激尿路黏膜，较大的结石就会完全堵塞通道。输尿管结石：输尿管里长了结石，会阻挡尿液下行，使得上方的肾盂尿液积聚，时间久了就会造成肾积水。输尿管结石往往是由肾脏结石掉落下来卡在输尿管部位形成的。
二、泌尿系统肿瘤引起
肾盂肿瘤：肾盂内生长肿瘤，会占据肾盂空间，影响尿液的正常排出，从而导致肾积水。肿瘤不断生长，会逐步阻塞肾盂输尿管连接部。膀胱肿瘤：膀胱里的肿瘤如果长得比较大，可能会堵塞输尿管开口，使得尿液从输尿管回流到肾盂，引起肾积水。例如膀胱癌晚期，肿瘤侵犯到输尿管开口处，就容易出现这种情况。
三、先天性尿路畸形导致
肾盂输尿管连接部狭窄：这是一种先天性的结构异常，胎儿在发育过程中肾盂和输尿管连接的部位没有发育好，出现狭窄，尿液通过就会受阻，引发肾积水。这种情况在新生儿中也时有发现。尿道瓣膜：男性胎儿可能会出现尿道瓣膜，这会阻碍尿液从膀胱排出，进而影响到肾脏的尿液引流，导致肾积水。尿道瓣膜会使得尿道的通畅性受到严重影响。