子宫内膜薄可能由多种原因引起。一般来说，内分泌失调是常见因素之一，比如雌激素水平过低，可能导致子宫内膜无法正常生长增厚。
内分泌因素：
雌激素水平异常： 雌激素对子宫内膜的生长起着关键作用。如果体内雌激素分泌不足，就会影响子宫内膜的增殖。例如，在女性的月经周期中，正常情况下卵泡发育会促使雌激素分泌增加，以让子宫内膜增厚为受孕做准备，但某些疾病或内分泌紊乱可能导致雌激素分泌量达不到正常水平，从而出现子宫内膜薄的情况。孕激素不足： 孕激素主要是在雌激素作用的基础上使子宫内膜从增殖期转化为分泌期。要是孕激素分泌不足，子宫内膜就不能很好地完成转化，也会表现为内膜薄。
子宫因素：
宫腔操作史： 比如人工流产手术，多次进行人工流产会损伤子宫内膜基底层，使得子宫内膜难以修复和增厚。据统计，有过多次人工流产经历的女性出现子宫内膜薄的概率相对较高。还有宫腔粘连，多是由于宫腔操作后感染等原因引起，宫腔粘连会阻碍子宫内膜的正常生长，导致内膜变薄。子宫发育畸形： 有些女性存在先天性的子宫发育畸形情况，像子宫纵隔等，这会影响子宫内膜的正常形态和功能，进而出现内膜薄的现象。
其他因素：
年龄因素： 随着女性年龄的增长，尤其是35岁以上的女性，卵巢功能会逐渐衰退，雌激素分泌减少，同时子宫内膜的增殖能力也会下降，所以年龄较大的女性相对更易出现子宫内膜薄的情况。全身性疾病： 一些全身性疾病也可能影响子宫内膜，比如严重的贫血，会导致身体整体的营养供应不足，包括子宫内膜的营养供应，从而引起内膜薄；甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会影响机体的代谢，也可能波及子宫内膜的生长。