灰趾甲的治疗方法主要有药物治疗、手术治疗和物理治疗等。一般来说，药物治疗是比较常用的方式。
药物治疗
外用药物： 可以使用阿莫罗芬搽剂，它能渗透进甲板，抑制真菌生长。不过使用时要注意，涂抹前需将病甲尽量刮薄，而且一般需要连续使用几个月，大概3 - 6个月左右才能看到明显效果。口服药物： 像伊曲康唑胶囊，它是一种抗真菌药物，采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程，但要注意口服药可能会对肝脏有一定影响，所以在用药前和用药过程中需要监测肝功能。
手术治疗
拔甲术： 把病甲拔掉，不过这种方法创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且新长出来的指甲有可能还是不健康的，并且拔甲后还需要配合外用或口服抗真菌药物，防止复发。一般拔甲后大概1 - 2个月能逐渐长出新甲，但新甲可能会有变形等情况。甲床修复术： 对于病情比较严重，甲床也受到累及的情况可能会用到，但这种手术相对复杂，术后护理也很关键，要防止感染等并发症。
物理治疗
激光治疗： 利用特定波长的激光来破坏真菌生存的环境，从而达到治疗灰趾甲的目的。一般需要多次治疗，大概每2 - 3周进行一次激光照射，经过3 - 5次治疗可能会有较好的效果。光动力治疗： 通过特定的光化学反应来杀灭真菌，治疗过程相对安全，但也需要多次治疗才能看到明显效果，每次治疗间隔时间可能在1 - 2周左右。在治疗灰趾甲时，还需要注意个人卫生，保持足部清洁干燥，勤换鞋袜，避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。同时，有糖尿病等基础疾病的患者要积极控制基础病，因为这类人群患灰趾甲后更容易复发且病情可能更难控制。