灰趾甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法来处理。比如外用药物治疗时，常用的有阿莫罗芬搽剂等，通常需要持续使用较长时间才能看到效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用抗真菌药，通过干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，一般一周使用1 - 2次，需要坚持使用几个月。环吡酮胺乳膏：同样属于外用抗真菌药物，能抑制真菌细胞膜的合成，对灰趾甲的真菌有一定的抑制作用。使用时需薄涂于患处，并轻轻按摩至吸收，每天使用1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种合成的三氮唑衍生物，具有广谱抗真菌作用。它采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要进行多个疗程的治疗，通过抑制真菌细胞色素P450，影响其细胞膜合成来发挥作用。不过，使用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：也是常用的口服抗真菌药，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯堆积，导致真菌细胞死亡。一般每天口服一次，连续服用几个月，同样，在用药前也需要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术：对于单个比较严重的灰趾甲可以考虑拔甲术。手术时将病甲拔除，但这种方法创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且拔甲后还需要配合抗真菌药物治疗，防止新长出来的指甲再次感染真菌。术后要注意保持伤口清洁，避免沾水，防止感染。不过，现在这种方法相对外用和口服药物应用得少一些。