屁股沟中间骨头疼可能由多种原因引起，比如久坐久站等生理性因素，也可能是某些疾病导致。一般来说，久坐超2小时可能会引发屁股沟中间骨头周围肌肉劳损，从而导致疼痛。
一、生理性因素
长时间久坐： 当人长时间保持坐姿，尤其是坐姿不正确时，屁股沟中间的骨骼及周围肌肉、韧带等会持续受到压迫，容易引起疼痛。比如上班族每天久坐办公超8小时，就较易出现这种情况。剧烈运动后： 进行高强度运动，像长跑、深蹲等，可能会使屁股沟中间的肌肉、软组织等受到牵拉，引发疼痛。比如刚跑完10公里马拉松的人，可能会感觉屁股沟中间骨头周围酸痛。
二、疾病因素
（一）脊柱相关疾病
腰椎间盘突出症： 腰椎间盘发生退变，纤维环部分或全部断裂，髓核突出刺激或压迫神经根，可能会导致屁股沟中间骨头附近出现疼痛，还可能伴有下肢麻木、无力等症状。这种情况在长期弯腰劳作的人群中较为常见。骶髂关节炎： 骶髂关节发生炎症，会引起屁股沟中间骨头处疼痛，疼痛可能会在活动时加重，休息后有所缓解。老年人患骶髂关节炎的概率相对较高。
（二）局部软组织病变
筋膜炎： 屁股沟中间的筋膜发生炎症，多因受凉、过度劳累等引起，会出现疼痛、肌肉紧张或痉挛等症状。比如长时间在寒冷环境中工作的人易患筋膜炎导致屁股沟中间骨头疼。肛周感染性疾病： 如肛周脓肿等，炎症刺激周围组织，也可能牵扯到屁股沟中间骨头处引起疼痛，同时可能伴有局部红肿、发热等表现。