扁平疣可以外用的药膏有多种，常用的如维A酸类药膏，一般连续使用数周可能见到效果。
维A酸类药膏
0.1%维A酸乳膏：通过调节表皮细胞的更新，促进表皮细胞的分化，从而达到治疗扁平疣的作用，但可能会有局部刺激症状，如发红、脱屑等。他扎罗汀凝胶：属于第三代维A酸类药物，作用机制与0.1%维A酸乳膏类似，起效相对可能较快一些，使用时也要注意可能出现的局部刺激反应。
水杨酸制剂
水杨酸软膏：水杨酸可以促进角质剥脱，帮助去除扁平疣表面过度增生的角质，从而改善症状。但使用时要注意避免涂抹到正常皮肤，以免引起刺激。含水杨酸的复合制剂：有些复方的外用药膏含有水杨酸成分，也能起到一定的剥脱角质、辅助治疗扁平疣的作用。
干扰素凝胶
重组人干扰素α-2b凝胶：它可以通过调节免疫功能来发挥作用，刺激机体产生抗病毒蛋白，抑制病毒的复制，同时增强免疫细胞的活性来对抗扁平疣病毒。不过使用后可能会有局部的轻度瘙痒、灼痛等不适，但一般比较轻微。
其他外用药物
5-氟尿嘧啶软膏：有一定的抗病毒和抑制细胞增殖的作用，不过因为可能会引起色素沉着等不良反应，现在临床上使用相对少一些。鸦胆子制剂：这是一种中药制剂，有腐蚀作用，但是使用时要非常谨慎，因为如果涂抹到正常皮肤会造成损伤，而且现在也不如前面几种西药制剂常用。