慢性肠炎拉肚子可在医生指导下通过以下药物进行治疗：
一、抗菌消炎类药物：
1.若慢性肠炎由感染引发，可在医生指导下使用青霉素V钾片、庆大霉素普鲁卡因维B12颗粒等药物，能起到抗炎作用，同时保护肠道黏膜，有助于改善腹泻、腹痛等不适症状；
2.也可遵医嘱服用诺氟沙星胶囊或复方黄连素片等药物，其可抑制大肠杆菌，对改善慢性肠炎引起的拉肚子症状有效果。
二、对症药物：
慢性肠炎可能导致肠道菌群失调而出现拉肚子的情况，此时可对症使用蒙脱石散、双歧杆菌乳杆菌三联活菌片、酪酸梭菌活菌片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等药物进行治疗，可调整肠道菌群，从而改善症状。
患者在治疗期间还应注意：养成规律的生活习惯，多进食清淡、易消化的食物，避免食用辛辣刺激食物。同时要注意保暖，养成良好的作息习惯，不要熬夜，加强锻炼，以促进身体恢复。
总结提示：慢性肠炎拉肚子治疗需在医生指导下选择合适药物，包括抗菌消炎类和对症药物，同时患者要注意生活各方面的调理。