双肾囊肿有可能会引起腰疼，不过并不是所有双肾囊肿患者都会出现腰疼症状，大约有10%~40%的双肾囊肿患者可能因囊肿较大、压迫周围组织或牵拉肾包膜等出现腰疼。
囊肿大小与腰疼的关系
较小囊肿一般不引起腰疼：当双肾囊肿直径小于5厘米时，通常对肾脏周围组织影响较小，较少导致腰疼。这类囊肿大多是在体检做超声等检查时偶然发现，患者一般没有明显不适症状。较大囊肿易引发腰疼：当囊肿直径大于5厘米甚至更大时，囊肿会对肾脏包膜产生牵拉，或者压迫周围的肾脏组织、血管等，从而引起腰部隐痛、胀痛等。比如囊肿直径达到8厘米及以上时，引发腰疼的可能性会明显增加。
囊肿数量与腰疼关联
单个囊肿与多个囊肿：单个肾囊肿如果体积较大也可能引起腰疼，而双肾多个囊肿时，相比单个囊肿，对肾脏组织的影响范围更广，更易出现腰疼情况。因为多个囊肿分布在双肾不同部位，对肾脏结构的破坏和牵拉等情况更复杂，所以相对单个囊肿更易引发腰部疼痛症状。
伴随其他情况时的腰疼表现
合并感染或出血：如果双肾囊肿同时合并感染或者出血，那腰疼症状可能会加重。囊肿合并感染时，肾脏会出现炎症反应，局部组织充血水肿，会导致腰疼加剧，还可能伴有发热等症状；囊肿合并出血时，血液在肾脏内积聚，会刺激肾脏包膜，引起较剧烈的腰部疼痛，同时可能出现血尿等表现。合并肾结石：当双肾囊肿患者同时合并肾结石时，结石活动可能会刺激肾脏，加重腰疼症状。肾结石在肾脏内移动会划伤肾盂、肾盏黏膜，引起疼痛，再加上囊肿的影响，腰疼会更明显。