男性小便疼痛且有脓，可能是尿道化脓性感染、淋病、非淋球菌性尿道炎等导致的，不同疾病有不同治疗方式。
一、尿道化脓性感染：
这通常是因细菌感染引发急性黏膜炎症。患者尿道口会流出黄色脓液，并伴有排尿疼痛。建议患者尽快就医，需进行分泌物培养和尿培养。确定感染后，可在专业医生指导下进行抗感染治疗，比如口服喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星、环丙沙星、莫西沙星等药物。
二、淋病：
一般是由于不洁性接触史，感染淋球菌而出现。淋病患者通常会有排尿刺痛感，尿道口流出黄色脓液，还有尿频、尿急甚至发烧等症状。要留取脓液进行淋球菌培养或淋球菌涂片检查。确诊后需要积极开展抗感染治疗，可在专业医生指导下口服大环内酯类抗生素，如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等药物，且治疗期间要禁忌性生活。
三、非淋球菌性尿道炎：
此类疾病多由支原体、衣原体感染引起。患者尿道口会流出黄色或白色稀薄的脓液分泌物，同时伴有尿道内烧灼感、刺痛、瘙痒等症状，也属于性传播疾病之一。可在专业医生指导下口服左氧氟沙星、阿奇霉素、多西环素等药物。
总之，当男性出现小便疼痛且有脓的情况时，应及时就医明确病因，并根据具体疾病进行针对性治疗。同时，在治疗期间要注意相关禁忌，以促进身体恢复。