男性小便时尿道刺痛并流脓，多由脓性尿道炎引起，可分为淋球菌感染和非淋球菌感染。患者应及时到正规医院就诊，明确病因并处理，同时要避免不洁性生活和接触不洁物品，以降低复发风险。
一、淋球菌感染
淋病奈瑟球菌，即淋球菌，人类是其唯一天然宿主，可通过性接触或接触污染物品感染，引发淋球菌性尿道炎。淋球菌侵袭尿道后，主要表现有尿道口红肿、刺痛，开始有黏液，后逐渐加重出现脓性物质从尿道口流出，同时常伴有尿频、尿急、包皮红肿等症状。治疗主要采用对淋球菌敏感的抗生素，如盐酸左氧氟沙星胶囊、盐酸环丙沙星片等。在治疗期间应禁止性生活，浴品分开使用以防交叉感染。
二、非淋球菌感染
如果是由沙眼衣原体、解脲脲原体等病原体导致的非淋球菌性尿道炎，当病原体感染尿道时，会引起尿道刺痛、烧灼感以及尿道口轻微红肿，通常会有较稀薄的脓性或浆液性分泌物，很多患者会发现内裤有污渍，尿道口有痂膜。治疗需依据敏感药物进行抗感染，如四环素、阿奇霉素、左氧氟沙星等，此疾病预后较好，但有再次感染的可能。
总之，男性出现小便时尿道刺痛并流脓的情况，要明确是何种感染引起，以便进行针对性治疗，同时要注意相关事项防止复发。