肠胃蛋白质过敏的症状表现多样。一般来说，皮肤方面可能出现湿疹，约有30% - 60%的肠胃蛋白质过敏患儿会伴有湿疹，且往往在婴儿期就出现，表现为皮肤红斑、瘙痒等；还可能有荨麻疹，皮肤突然出现风团样皮疹，伴有明显瘙痒。消化系统方面，常见呕吐，大约20% - 30%的患儿会出现频繁呕吐，多在进食含蛋白质食物后不久发生；还可能有腹泻，大便次数增多，可为稀水样便或糊状便，严重时可能出现血便。呼吸道方面，可能出现喘息，约10% - 20%的肠胃蛋白质过敏患儿会有喘息症状，这是因为过敏反应累及呼吸道引起气道痉挛等。
皮肤方面症状
湿疹表现： 肠胃蛋白质过敏引发的湿疹多好发于头面部，起初为红斑，之后可逐渐出现丘疹、水疱等，宝宝会因瘙痒而不断搔抓。一般在接触蛋白质类食物后，湿疹可能会加重。荨麻疹表现： 皮肤会突然出现大小不等的红色或白色风团，形状不规则，可孤立分布或融合成片，通常在数小时内消退，但容易反复发作。
消化系统方面症状
呕吐情况： 对于婴儿来说，在进食含有蛋白质的奶粉或食物后，可能在1 - 2小时内就出现呕吐症状，呕吐物多为进食的奶液或食物。较大的儿童可能会自述恶心，随后出现呕吐。腹泻情况： 大便性状改变明显，次数增多，每天可达数次至十余次不等。如果是严重的肠胃蛋白质过敏导致肠道黏膜受损，可能会出现黏液便、血便，大便中可见血丝或黏液。
呼吸道方面症状
喘息表现： 当肠胃蛋白质过敏引发的过敏反应累及呼吸道时，会出现喘息症状，呼吸时可听到明显的喘鸣音，严重时会影响宝宝的呼吸频率和深度，导致呼吸急促。宝宝可能会表现出烦躁不安、鼻翼扇动等情况。