肺隔离症的治疗主要以手术切除为主。一旦确诊，通常建议尽早手术，尤其是有症状的患者。
手术治疗为主
病变局限型肺隔离症： 手术是主要的治疗方法，通过切除隔离的肺组织，可以消除症状。手术方式一般为肺叶切除术等，将异常的肺组织完整切除，能从根本上解决问题。合并感染的肺隔离症： 若患者伴有感染，需要先进行抗感染治疗，待感染控制后再考虑手术。一般抗感染治疗需要1 - 2周左右的时间，待炎症得到有效控制，患者体温恢复正常，感染指标如白细胞等降至正常范围后，再安排手术。
非手术治疗情况较少
无症状的肺隔离症： 对于一些无症状的肺隔离症患者，如果病变非常小且没有明显的临床风险，可密切观察，定期进行胸部影像学检查，如胸部CT等，一般每6 - 12个月复查一次胸部CT，观察病变有无变化。但这种情况相对较少，大多数肺隔离症还是需要手术干预。特殊人群的处理： 对于年龄较小、身体状况较差无法耐受手术的婴儿等特殊人群，需要多学科评估。比如婴儿肺隔离症，要综合考虑其心肺功能等情况，可能需要更谨慎的评估，看是否有保守治疗的可能，但总体来说，手术仍是主要的治疗手段，保守治疗只能作为暂时的过渡措施。肺隔离症一旦确诊，应根据患者的具体情况制定合适的治疗方案，手术是主要的有效治疗方式，而对于有感染等情况的患者则需要先控制感染再行手术。