早晨起来有痰，可能由慢性咽炎、慢性扁桃体炎、支气管炎等因素引发，具体情况如下：
一、慢性咽炎：患者若长期处于受凉、疲劳、营养不良等状态，会致使机体免疫力降低，此时就极易受到细菌或病毒感染，从而引发咽部黏膜炎症，导致慢性咽炎。由于患者在夜间睡眠时多会用口呼吸，这会刺激咽部黏膜使其分泌物增多，进而造成早上起来喉咙有痰的情况，同时还常伴有鼻塞、咽痛、咳嗽等症状。
1.受凉因素：身体长时间受到寒冷刺激，可能引起呼吸道防御功能下降。
2.疲劳因素：过度劳累会使身体处于疲惫状态，抵抗力减弱。
3.营养不良因素：缺乏必要的营养物质会影响免疫系统正常运作。
二、慢性扁桃体炎：若长期受辛辣食物刺激、维生素缺乏、感冒等因素影响，导致机体免疫力下降，此时一旦受到细菌或病毒感染，就容易诱发扁桃体炎症。而在夜间主要是副交感神经兴奋，这会引起咽喉部黏膜分泌物增多，喉咙分泌物在夜间淤积，通常表现为早上起来喉咙有痰。
1.辛辣食物刺激：经常食用辛辣食物可能刺激扁桃体。
2.维生素缺乏：身体缺乏某些维生素会降低免疫力。
3.感冒因素：感冒后身体较为虚弱。
三、支气管炎：主要由细菌和病毒的反复感染，或因空气污染、吸烟等原因导致气管、支气管黏膜及其周围组织出现非特异性炎症。支气管炎会产生白色粘液状痰液，且痰液粘稠不易咳出。夜间会因体位和副交感神经兴奋而使排痰量增多，常常出现早上起来有咳嗽、咳痰的症状。
1.细菌和病毒感染：常见的致病因素。
2.空气污染：不良的空气环境会损害呼吸道。
3.吸烟：吸烟对呼吸道有明显危害。
总之，早晨起来有痰可能是以上多种疾病导致的，若此症状持续或伴有其他不适，应及时就医进行明确诊断和治疗。