生殖器官疱疹主要是由单纯疱疹病毒（HSV）引起的，其中约90%由HSV-2型引起，10%由HSV-1型引起。
病毒传播途径
性接触传播：这是最主要的传播方式。与患有生殖器官疱疹的患者发生无保护的性行为，包括阴道性交、肛门性交、口交等，都有可能感染病毒。据统计，与患有HSV-2感染的患者发生一次性接触，另一方被感染的概率约为10%~20%。母婴传播：感染了HSV的孕妇在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会受到病毒的感染；另外，在产后，母亲与婴儿的密切接触也可能导致婴儿感染。
自身免疫力因素
免疫力低下：当人体的免疫力处于较低水平时，比如长期患有慢性疾病（如艾滋病等）、过度劳累、长期精神压力大等情况下，身体对病毒的抵御能力下降，就更容易感染单纯疱疹病毒引发生殖器官疱疹。例如，艾滋病患者由于免疫系统严重受损，感染HSV的风险比正常人高很多倍。激素变化影响：体内激素的变化也可能诱发生殖器官疱疹。比如在月经周期、怀孕期间等，体内激素水平发生改变，会影响免疫系统对病毒的控制能力，从而增加发病的可能性。女性在月经前后，由于激素波动，生殖器官疱疹的复发风险可能会升高。
其他潜在因素
皮肤黏膜破损：当生殖器官部位的皮肤或黏膜存在破损时，比如有擦伤、裂隙等情况，单纯疱疹病毒更容易侵入人体引发感染。例如，进行剧烈运动导致生殖器官局部皮肤摩擦受损，此时接触到含有HSV的分泌物等就容易发病。