生殖器官疱疹主要是由单纯疱疹病毒（HSV）引起的，其中约90%由单纯疱疹病毒Ⅱ型（HSV-2）导致，10%由单纯疱疹病毒Ⅰ型（HSV-1）引起。
病毒传播途径：
性接触传播： 这是最主要的传播方式。与患有生殖器官疱疹的患者发生无保护的性行为，包括阴道性交、肛门性交、口交等，都有可能感染病毒。例如，在性活跃人群中，如果一方感染了HSV，另一方被感染的风险较高。母婴传播： 患有生殖器官疱疹的孕妇在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会感染病毒，从而引发新生儿疱疹。这种情况虽然相对较少，但一旦发生，对新生儿的健康危害较大。
自身免疫力因素：
免疫力低下人群易感染： 当人体的免疫力较低时，比如患有艾滋病、恶性肿瘤等疾病，或者长期使用免疫抑制剂，此时身体对病毒的抵御能力下降，就更容易感染生殖器官疱疹病毒。例如，艾滋病患者由于免疫系统被严重破坏，感染HSV的几率比正常人高很多倍。过度劳累等可诱发复发： 即使曾经感染过病毒并康复，如果身体过度劳累、精神压力过大、感冒发烧等，导致免疫力暂时降低，也可能诱发生殖器官疱疹的复发。比如长期熬夜、连续加班后，有些人可能会出现生殖器官疱疹的复发症状。
其他潜在因素：
接触被污染物品： 虽然这种情况相对少见，但如果接触了被患者污染的毛巾、浴盆、衣物等物品，也有可能间接感染病毒。不过一般来说，单纯疱疹病毒在外界环境中的存活能力较弱，通过间接接触感染的概率相对较低。