植物神经功能失调的药物治疗需根据具体症状来选择。一般来说，调节植物神经功能的药物有谷维素等，它可以调整自主神经功能，通常可以按说明书服用，一般常用剂量是一次10 - 30毫克，一日3次。
调节神经递质类药物
五羟色胺再摄取抑制剂：比如帕罗西汀，它能影响五羟色胺神经递质的再摄取，从而改善植物神经功能失调引起的焦虑、抑郁等症状。但孕妇、哺乳期女性使用需谨慎，有癫痫病史者要慎用。苯二氮䓬类药物：像地西泮，有镇静催眠的作用，对于植物神经功能失调导致的失眠等症状有一定缓解作用。不过长期使用可能会产生依赖性，老年人使用时要注意剂量，避免过度镇静。
维生素类药物
维生素B族：维生素B1可以参与神经组织中糖代谢等过程，维生素B6参与神经系统代谢等。常见的复合维生素B片就包含多种B族维生素，一般来说，成人常用量是一次1 - 3片，一日3次。它可以辅助调节植物神经功能，没有明显的禁忌，但大量服用可能会出现烦躁、疲倦、食欲减退等情况。
中药调理类
逍遥丸：具有疏肝健脾、养血调经的作用，对于植物神经功能失调引起的情绪抑郁、胸胁胀痛等有一定的调理作用。一般来说，成人一次6 - 9克，一日1 - 2次。孕妇要慎用，感冒时不宜服用。归脾丸：能益气补血、健脾养心，适用于植物神经功能失调导致的心悸、失眠、食欲不振等症状。成人一次8 - 10丸，一日3次。有高血压、心脏病等慢性病严重者应在医生指导下服用。