植物神经功能失调的药物治疗需根据具体症状来选择。一般来说，调节植物神经功能的药物有谷维素，它可以调整自主神经功能，改善精神神经失调症状，通常成人一次10 - 30毫克，一日3次。
调节神经递质类药物
五羟色胺再摄取抑制剂：如帕罗西汀，可影响五羟色胺神经递质的再摄取，能改善植物神经功能失调引起的焦虑、抑郁等情绪症状。但这类药物可能会有一些副作用，比如初期服用可能会出现恶心、口干等情况，一般在持续用药后会逐渐减轻。去甲肾上腺素再摄取抑制剂：像文拉法辛，能调节去甲肾上腺素等神经递质，对植物神经功能失调导致的情绪问题有一定改善作用。不过使用时要注意监测血压等指标，因为它可能会引起血压的波动。
对症治疗药物
改善睡眠药物：如果植物神经功能失调伴有失眠症状，可以使用佐匹克隆。佐匹克隆能缩短入睡时间，提高睡眠质量，一般成人睡前服用7.5毫克左右。但长期使用可能会产生依赖性，所以不建议长期大量服用。调节胃肠道药物：当植物神经功能失调影响胃肠道，出现胃肠功能紊乱时，可以用曲美布汀。它能调节胃肠道运动，改善腹痛、腹泻或便秘等症状，成人一次0.1 - 0.2克，一日3次。
中药调理相关药物
逍遥丸：具有疏肝健脾、养血调经的作用，对于植物神经功能失调引起的情绪抑郁、胸胁胀痛等有一定的调理作用。一般一次6 - 9克，一日1 - 2次。不过孕妇要慎用，感冒期间不宜服用。归脾丸：能益气补血、健脾养心，适用于植物神经功能失调出现心悸、失眠、食欲不振等心脾两虚症状的人群。成人一次8 - 10丸，一日3次。但有高血压、心脏病等慢性病严重者应在医生指导下服用。