羊水穿刺的最佳时间一般是妊娠16~22周。这个时间段进行羊水穿刺，羊水相对较多，胎儿较小，穿刺时损伤胎儿的风险较低。
为什么这个时间段最佳
羊水量合适： 在妊娠16~22周时，羊水含量较为适中。此时羊水约有200~500毫升左右，这样的量既能够保证有足够的羊水用于穿刺获取样本，又不会因为羊水过多或过少而增加操作难度和风险。胎儿发育情况： 这个时期胎儿已经基本发育成型，但又还不是很大，胎儿在子宫内有较大的活动空间，穿刺针不容易伤及胎儿，能降低对胎儿造成损伤的概率。
过早进行的弊端
流产风险增加： 如果在妊娠16周之前进行羊水穿刺，此时胎儿还比较小，子宫相对较敏感，穿刺过程中可能会刺激子宫引起宫缩，从而导致流产的风险升高。因为妊娠早期子宫对刺激的反应较为强烈，穿刺操作带来的机械性刺激更容易引发宫缩。细胞培养难度大： 妊娠早期时，羊水细胞中胎儿细胞的比例相对较低，进行细胞培养时成功率可能会受到影响，不利于后续的染色体等检查的进行。
过晚进行的弊端
诊断价值降低： 当妊娠超过22周后，羊水内胎儿细胞的活力会逐渐下降，细胞培养的成功率会降低，而且此时如果发现胎儿有染色体异常等问题，后续进行干预处理的时间会比较紧张。比如需要进行引产等操作时，对孕妇身体造成的损伤相对更大，因为妊娠月份越大，引产的风险也相应增加，包括出血、感染等风险都会升高。