肺部穿刺有一定风险，但总体发生率较低。一般来说，肺部穿刺的严重并发症发生率约在1%~2%左右。
出血风险
穿刺部位出血：在肺部穿刺过程中，可能会损伤肺部的血管，导致穿刺部位出血。少量的出血可能没有明显症状，但如果出血量较多，可能会引起胸痛、呼吸困难等表现。例如，部分患者可能会出现胸腔内少量积血的情况，但通过适当的卧床休息等处理，大多可逐渐吸收。大咯血风险：虽然发生概率较低，但也存在引发大咯血的可能。一旦出现大咯血，会严重威胁患者生命，需要立即进行抢救处理。
气胸风险
气胸发生：肺部穿刺时，有可能导致气体进入胸腔，引起气胸。轻度的气胸可能仅表现为轻微的胸闷、气短，通过卧床休息等保守治疗，一般1~2周可自行吸收。而较为严重的气胸，可能会导致患者呼吸困难明显加重，这时候可能需要进行胸腔闭式引流等治疗措施。大约有5%~10%的患者可能会发生不同程度的气胸。
感染风险
穿刺部位感染：肺部穿刺属于有创操作，存在穿刺部位感染的风险。如果术后穿刺部位出现红、肿、热、痛等表现，就需要考虑有感染的可能，这时候可能需要使用抗生素进行抗感染治疗。一般通过规范的消毒操作等措施，可将穿刺部位感染的发生率控制在较低水平，约1%左右。肺部感染扩散风险：虽然几率不大，但也存在因穿刺导致肺部原有感染扩散的情况。如果患者本身肺部就有感染性病变，在穿刺过程中有可能使感染灶扩散，加重肺部感染的范围和严重程度。