肺部穿刺活检是诊断肺部疾病的重要手段，其风险相对较低，总体严重并发症发生率通常在1%~2%左右。不过，具体风险因个体情况等有所不同。
穿刺的风险类型
出血风险：
少量咯血： 在肺部穿刺活检后，约有10%~30%的患者可能会出现少量咯血，一般数天内可自行缓解。这是因为穿刺针会对肺部组织造成一定损伤，导致少量血管破裂出血。大咯血： 大咯血发生的概率较低，约在0.5%以下，但一旦发生后果较为严重。多是因为穿刺损伤了较大的血管，如肺动脉分支等。
气胸风险：
单纯气胸： 肺部穿刺时，穿刺针可能会刺破脏层胸膜，导致气体进入胸腔形成气胸。约有10%~20%的患者会出现单纯气胸，若气胸量较少（肺压缩<20%），患者可能无明显症状，可自行吸收。气胸合并其他情况： 若气胸量较多（肺压缩>20%），患者可能出现胸闷、气短等症状，此时可能需要进行胸腔闭式引流等处理，这种情况发生率约在5%左右。
感染风险：
局部感染： 穿刺部位可能会发生局部感染，发生率约在1%左右。主要是由于穿刺部位皮肤存在细菌等病原体，穿刺过程中可能将细菌带入组织引发感染，表现为穿刺部位红、肿、热、痛等。肺部感染扩散： 虽然较为罕见，但也有发生肺部感染扩散的可能，发生率极低，约在0.1%以下。多是因为穿刺操作导致原本存在的肺部感染灶扩散。
其他风险：
肿瘤播散风险： 如果是肺部肿瘤进行穿刺活检，存在肿瘤细胞沿穿刺针道播散的风险，但概率非常低，约在0.1%左右。不过对于一些恶性肿瘤，医生会充分评估后谨慎操作以尽量降低这种风险。患者自身基础疾病影响： 对于本身存在严重心肺功能不全、凝血功能严重障碍等基础疾病的患者，穿刺活检风险会相对更高。比如严重心肺功能不全患者，穿刺可能会进一步加重呼吸循环负担；凝血功能严重障碍患者则出血风险显著增加。