调理肠道的药物有多种，具体哪种最好需根据个人情况而定。比如益生菌类药物对调节肠道菌群有一定作用，像双歧杆菌四联活菌片，它能补充肠道有益菌，一般可长期服用来改善肠道功能，但具体效果因个体肠道状况不同而异。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等。一般来说，儿童也可使用，但需在医生指导下根据年龄调整剂量。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠道微生态环境。可用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻，也可用于其他原因引起的胃肠道菌群失调的防治。
肠道黏膜保护剂
蒙脱石散： 对消化道内的病毒、病菌及其产生的毒素、气体等有极强的固定、抑制作用，使其失去致病作用；此外对消化道黏膜还具有很强的覆盖保护能力，修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能，具有平衡正常菌群和局部止痛作用。成人及儿童均可使用，成人每次1袋（3克），一日3次；儿童1岁以下每日1袋，分3次服；1-2岁每日1-2袋，分3次服；2岁以上每日2-3袋，分3次服，需将本品倒入50毫升温水中摇匀服用。硫糖铝混悬凝胶： 能在酸性环境下解离出硫酸蔗糖复合离子，复合离子聚合成不溶性的带负电荷的胶体，与溃疡或炎症处的带正电荷的蛋白质渗出物相结合，形成一层保护膜，促进溃疡愈合。主要用于胃和十二指肠溃疡的治疗，成人一次5毫升（1克），一日2-4次，餐前1小时及睡前服用。
促胃肠动力药
多潘立酮片： 直接作用于胃肠壁，可增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，增加胃窦和十二指肠运动，协调幽门的收缩，同时也能增强食道的蠕动和食道下端括约肌的张力，抑制恶心、呕吐。适用于消化不良、腹胀、嗳气、恶心、呕吐、腹部胀痛等。成人一次1片，一日3次，饭前15-30分钟服用。但孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳，建议儿童慎用。莫沙必利片： 为选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良病人的胃肠道症状，不影响胃酸的分泌。适用于功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等消化道症状；也可用于胃食管反流性疾病、糖尿病性胃轻瘫及部分胃切除患者的胃功能障碍。成人一次5毫克，一日3次，饭前服用。老年人用药需注意观察，如出现不良反应应适当减量。