调理肠道可以选择的药物有多种，比如益生菌类药物，像双歧杆菌四联活菌片，一般来说这类药物能调节肠道菌群，通常没有严重的毒性反应，但儿童使用需遵医嘱。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和屎肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，调整肠道菌群，改善肠道消化功能。适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等。但对本品过敏者禁用，服用时水温不宜超过40℃。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善人体微生态环境。儿童必须在成人监护下使用。
促胃肠动力药
多潘立酮片： 能直接作用于胃肠壁，增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，增加胃窦和十二指肠运动，协调幽门的收缩，同时也能增强食管的蠕动和食管下括约肌的张力，抑制恶心、呕吐。但禁用于嗜铬细胞瘤、乳癌、机械性肠梗阻、胃肠出血等疾病患者，孕妇慎用。莫沙必利片： 可促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠道而发挥促动力作用，从而改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但对本品过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
泻药类
乳果糖口服溶液： 适用于慢性功能性便秘。它在结肠中被消化道菌丛转化成低分子量有机酸，导致肠道内pH值下降，并通过渗透作用增加结肠内容量。孕妇、哺乳期妇女可在医生指导下使用，婴儿慎用。酚酞片： 主要作用于结肠，口服后在肠内与碱性肠液相遇，形成可溶性钠盐，刺激肠壁神经丛，直接作用于肠平滑肌，使肠蠕动增加，同时又能抑制肠道内水分的吸收，使水和电解质在结肠蓄积，产生缓泻作用。但阑尾炎、直肠出血未明确诊断、充血性心力衰竭、高血压、粪块阻塞、肠梗阻者禁用，幼儿慎用。