多囊卵巢综合征的原因目前尚未完全明确，但有一些相关因素。一般认为可能与遗传因素有关，据统计，约60% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在遗传异常。另外，内分泌失调也是重要原因，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能紊乱，会导致雄激素分泌过多等情况。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性患该病的风险会增加。研究发现，其遗传方式可能是多基因遗传。也就是说，多个基因的变异共同作用，再加上环境因素的影响，容易引发疾病。特定基因变异： 例如胰岛素受体基因等的变异，可能会影响身体对胰岛素的敏感性等，从而增加多囊卵巢综合征的发病几率。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲频率异常，会影响垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH）的比例。正常情况下FSH与LH的比例相对平衡，而多囊卵巢综合征患者往往LH水平升高，FSH水平相对正常或偏低，这种比例失调会影响卵巢的正常排卵功能。雄激素分泌过多： 卵巢和肾上腺等部位会过量分泌雄激素，雄激素升高会导致一系列症状，如多毛、痤疮等，同时还会干扰卵泡的正常发育，使得卵泡不能正常成熟和排卵，进而引发多囊卵巢综合征。
生活方式因素
饮食不规律： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会导致身体肥胖，而肥胖是多囊卵巢综合征的一个重要危险因素。肥胖会引起胰岛素抵抗，进一步影响内分泌系统，加重病情。例如，长期大量摄入甜食，会使血糖波动较大，刺激胰岛素过度分泌，引发胰岛素抵抗。缺乏运动： 缺乏体育锻炼会导致身体代谢减慢，脂肪容易堆积，同样增加患多囊卵巢综合征的风险。运动不足还会影响激素的正常调节，不利于内分泌平衡。