多囊卵巢综合征的原因目前还不完全明确，可能与遗传因素有关，据研究，遗传因素在多囊卵巢综合征发病中占比较大，约60% - 70%的患者有家族聚集性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性患该病的风险会增加。比如母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的概率比正常人群要高很多。这是因为遗传物质中携带了相关的易感基因，使得个体更容易出现内分泌和代谢方面的异常。基因变异影响： 一些特定基因的变异也与多囊卵巢综合征的发生相关。例如，与胰岛素抵抗、雄激素合成等相关的基因发生变异时，会干扰正常的内分泌调节，从而引发多囊卵巢综合征。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲频率异常，会影响垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH）的比例。正常情况下，FSH与LH的比例相对平衡，而在多囊卵巢综合征患者中，往往出现LH水平升高，FSH水平相对降低的情况，这种失衡会导致卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵，进而引起一系列症状。雄激素分泌过多： 卵巢和肾上腺等部位会过量分泌雄激素。过多的雄激素会导致多毛、痤疮等表现，同时还会抑制卵泡的正常发育和排卵。例如，卵巢中的卵泡膜细胞在异常的内分泌环境下，会过度合成雄激素，打破了性激素的平衡状态。
代谢因素方面
胰岛素抵抗： 约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，形成高胰岛素血症。高胰岛素血症又会刺激卵巢分泌更多的雄激素，进一步加重多囊卵巢综合征的症状，同时还可能导致肥胖等代谢问题。比如，患者即使体重正常，也可能存在胰岛素抵抗的情况，影响身体的代谢过程。肥胖影响： 肥胖尤其是腹型肥胖与多囊卵巢综合征密切相关。肥胖会导致体内脂肪细胞分泌的瘦素等脂肪因子异常，进而影响内分泌系统的调节。而且肥胖本身也会加重胰岛素抵抗，形成恶性循环，使得多囊卵巢综合征的病情更加复杂。一般来说，体重指数（BMI）≥25的人群患多囊卵巢综合征的风险相对较高。