早上起床口水是黄褐色的原因包括：口腔疾病，如龋齿、牙周炎等；慢性咽喉炎和口腔炎症；胃和食管的炎症或溃疡等。
一、口腔疾病：
1.龋齿：当存在龋齿时，牙齿处于病变状态，容易引发充血甚至出血，这样就可能导致晨起时口水呈现黄褐色。
2.牙周炎：有牙周炎的情况下，牙龈等部位会有炎症反应，易出现充血和出血现象，从而使得早上起来口水为黄褐色。
二、慢性咽喉炎和口腔炎症：
1.慢性咽喉炎：会使咽喉部黏膜充血以及出血，早上时可能表现出口水呈黄褐色。
2.口腔炎症：例如牙龈炎等，其炎症刺激会造成黏膜充血和出血，进而在晨起时出现口水黄褐色的情况。
三、胃和食管的炎症或溃疡：
1.胃部炎症或溃疡：可能引起胃黏膜充血和出血，当分泌物反流到口腔时，会表现为晨起口水黄褐色。
2.食管炎症或溃疡：同样会导致食管黏膜充血和出血，也可能出现这种晨起口水的表现，此时往往需要进一步做胃镜等检查来明确。
出现晨起口水是黄褐色这种情况，建议及时就医，以便准确找出原因并进行积极的治疗。