早上起床口水是黄褐色的原因包括：口腔疾病，如龋齿、牙周炎等；慢性咽喉炎和口腔炎症；胃和食管的炎症或溃疡等。
一、口腔疾病：
1.龋齿：当存在龋齿时，牙齿处于炎症状态，容易出现充血及出血情况，这样在晨起时就可能导致口水呈现黄褐色。
2.牙周炎：有牙周炎时，牙齿周围组织也有炎症，同样会有充血及出血现象，进而引起晨起口水为黄褐色。
二、慢性咽喉炎和口腔炎症：
(1)慢性咽喉炎会使粘膜充血及出血，早上起来时，口水就可能表现为黄褐色。
(2)口腔炎症也会造成粘膜的类似状况，从而在晨起时出现口水黄褐色的现象。
三、胃和食管的炎症或溃疡：
1.胃和食管出现炎症或溃疡病时，可能引起胃和食管粘膜充血及出血，当分泌物反流至口腔，就会在晨起时呈现出口水黄褐色的表现，这种情况往往需要进一步做胃镜等检查来明确。
出现晨起口水是黄褐色的情况，建议要及时就医，以便明确具体原因并进行积极治疗。