肛瘘一般需要手术治疗，单纯药物治疗很难根治，但可在手术前后辅助用药。比如急性发作期有感染时，可能会用抗生素，像头孢类抗生素等控制炎症。不过手术是主要的治疗手段，通常确诊肛瘘后，多建议尽早手术。
肛瘘的手术方式
瘘管切开术：适用于单纯性低位肛瘘，手术是将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。这种手术相对简单，术后恢复时间一般在2 - 4周左右。挂线疗法：常用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械压迫作用，缓慢切开肛瘘。术后需每天坐浴等护理，一般挂线后10 - 14天左右线会脱落，创面恢复大概需要1个月左右。
肛瘘术后的护理要点
创面清洁：术后要注意肛门局部清洁，可每天用温水坐浴，一般建议早晚各坐浴一次，每次15 - 20分钟。坐浴能保持创面清洁，促进血液循环，利于创面愈合。饮食调整：术后应多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜（芹菜、菠菜等）、水果（香蕉、苹果等），保持大便通畅，避免便秘。同时要避免吃辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免刺激伤口，影响愈合。
肛瘘的预防措施
保持肛门清洁：日常生活中要注意肛门周围的清洁卫生，每天用温水清洗肛门，尤其是便后。勤换内裤，选择棉质、宽松的内裤，减少对肛门局部的刺激。积极治疗肠道疾病：如肠炎、腹泻等肠道疾病要及时治疗，因为长期的肠道炎症刺激可能会增加肛瘘的发生风险。如果有肛窦炎等肛周感染性疾病，也要尽早治疗，防止发展成肛瘘。