婴儿肛瘘的治疗并无绝对的最好方式。肛瘘治疗通常以手术为主，但药物治疗基本无效。不过鉴于婴儿年龄较小，手术操作困难且术后护理不易，一般建议先采取保守治疗，等到5岁之后再考虑手术治疗。婴儿肛瘘多因新生儿腹泻污染肛周，进而导致肛旁脓肿，破溃出脓而形成。婴儿肛周皮肤极为娇嫩，肛门括约肌相对松宽，易被粗糙尿布擦伤，或因黏膜外翻而受损。因小儿肛瘘管道较短浅，排脓后症状能很快缓解，且多数可自愈，部分患儿也会随年龄增长而自愈。
一、因此，一般提倡尽量避免手术治疗，日常要注意局部的清洁卫生，多进食粗纤维食物，以利于大便通畅。
1.要保持肛周清洁，每日清洁肛门并坐浴。
2.可在医生指导下适当使用抗生素，如头孢类。
3.局部可用金黄如意膏外敷等进行消炎、消肿治疗，控制和减少脓肿发生，促进自愈。
二、对反复发作且无法自愈的患儿，要选择合适时机至能承受手术时，再进行手术治疗，治疗可采用微创技术，找到原发的内口，并将感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，手术年龄以5至10岁为宜。家长切不可自行将脓肿刺破或挤脓，以免引发感染等意外情况。另外，术后也要注重患处的消毒和护理。
总之，对于婴儿肛瘘的治疗需综合考虑多种因素，根据具体情况选择合适的治疗方法，同时要做好各方面的护理工作。