真菌感染的治疗需根据感染部位和真菌种类等因素来选择合适方法，一般来说，抗真菌药物是主要治疗手段，比如对于皮肤浅部真菌感染，常用的外用抗真菌药物有酮康唑乳膏等，能在局部发挥作用抑制真菌生长，通常坚持用药几周可能见到效果。
外用抗真菌药物选择
局部浅表真菌感染：像手足癣这类局部浅表的真菌感染，常用的外用药物有特比萘芬乳膏。它可以抑制真菌细胞膜的合成，从而起到抗真菌的作用。一般每天涂抹1 - 2次，连续使用几周，能有效缓解症状。指（趾）甲真菌感染：对于指（趾）甲的真菌感染，可以使用阿莫罗芬搽剂。它能渗入指（趾）甲，抑制真菌的生长繁殖。通常一周涂抹1 - 2次，需要连续使用数月，才能看到指（趾）甲逐渐恢复正常。
系统抗真菌药物应用
全身性真菌感染：当真菌感染较为严重，累及全身时，就需要使用系统抗真菌药物，比如氟康唑。它是一种广谱抗真菌药物，通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，达到抗真菌的效果。一般根据病情的严重程度来决定用药剂量和疗程。深部真菌感染：像肺部的深部真菌感染，可能会用到伊曲康唑。它可以在真菌细胞内达到较高的浓度，发挥抗真菌作用。用药疗程也需要根据患者的具体恢复情况来确定，可能需要数周甚至数月。
不同部位真菌感染的特殊处理
口腔真菌感染：口腔真菌感染常见于免疫力低下的人群，比如长期使用抗生素或激素的患者。可以使用碳酸氢钠溶液漱口，然后局部涂抹制霉菌素甘油。碳酸氢钠溶液可以改变口腔的酸碱度，不利于真菌生长，制霉菌素能与真菌细胞膜上的甾醇结合，改变细胞膜的通透性，导致真菌细胞内容物外漏而死亡。阴道真菌感染：阴道真菌感染也就是霉菌性阴道炎，常用克霉唑栓。将克霉唑栓放入阴道后穹窿处，它可以抑制真菌的合成酶，影响真菌的生长。一般每晚使用一次，连续使用几天，能有效治疗阴道真菌感染。