真菌感染的治疗方法需根据感染部位和真菌种类等因素决定，一般可以通过外用药物和口服药物来治疗。比如皮肤浅部真菌感染，常用外用抗真菌药膏，像硝酸咪康唑乳膏等，一般连续使用几周可能会有效果。
外用药物选择
浅表皮肤真菌感染： 对于手癣、足癣等浅表皮肤真菌感染，常用的外用药物有克霉唑乳膏。它能抑制真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用，每天涂抹1 - 2次，持续使用数周。指（趾）甲真菌感染： 治疗指（趾）甲真菌感染时，可以使用阿莫罗芬搽剂，每周涂抹1 - 2次，需要连续使用数月才能看到较好效果。
口服药物应用
系统性真菌感染： 当真菌感染较为严重，累及内脏等部位时，可能需要口服抗真菌药物，如伊曲康唑。它是一种广谱抗真菌药，能抑制真菌细胞色素P450依赖酶，干扰真菌麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用，但使用时需注意监测肝功能。深部真菌感染： 对于一些严重的深部真菌感染，如隐球菌性脑膜炎等，可能会用到氟康唑，它可以通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，影响真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌功效，但长期使用可能会导致真菌耐药等问题。
不同部位真菌感染的特殊处理
口腔真菌感染： 口腔念珠菌感染，可使用碳酸氢钠溶液漱口，然后局部涂抹制霉菌素混悬液。制霉菌素能与真菌细胞膜上的甾醇结合，改变细胞膜的通透性，导致细胞内物质外漏，发挥抗真菌作用，每天涂抹数次。阴道真菌感染： 阴道念珠菌感染常用克霉唑栓，每晚将1粒栓剂放入阴道深处，一般连用3日为一个疗程，能抑制真菌的生长繁殖。
特殊人群的注意事项
儿童真菌感染： 儿童真菌感染时，外用药物的选择需更加谨慎，避免使用刺激性过强的药物。例如婴儿皮肤真菌感染，可选用较为温和的特比萘芬乳膏，但使用前最好咨询医生，根据儿童的年龄和病情调整用药。老年人真菌感染： 老年人由于身体机能下降，肝肾功能可能不如年轻人，在使用抗真菌药物时，要密切关注药物对肝肾功能的影响。比如使用伊曲康唑时，要定期检查肝功能，根据肝肾功能情况调整用药剂量。