牙齿上有洞且疼痛的处理方法包括补牙、根管治疗、拔牙。具体如下：
一、补牙：若牙齿有洞，在受到冷热酸甜刺激时产生疼痛。这种情况下要将龋坏的牙体组织彻底清理干净，之后依据牙齿龋坏的位置，选取适宜的补牙材料对牙齿予以修补。补牙的作用在于阻止龋坏进一步发展，恢复牙齿的形态和功能，避免食物残渣及细菌等在洞内积聚，引发更严重的问题。
二、根管治疗：当牙齿上有洞并出现夜间疼痛或咬合疼痛时，意味着牙齿可能出现了牙髓炎或根尖周炎。此时需要对牙齿进行根管治疗。首先要去除感染的牙髓组织，对根管进行清理和消毒，然后填充根管。两周后若没有不适症状，再进行牙冠修复。通过根管治疗可以消除炎症和疼痛，保留牙齿，使其能够继续发挥功能。
三、拔牙：如果牙齿上的洞龋坏极为严重，经拍摄牙齿根尖片显示牙根有吸收情况，或者炎症范围很大，那么最好将该牙齿拔除。后期再根据实际情况选择种植牙或其他义齿进行修复。拔牙虽然是最后的手段，但在一些严重情况下却是必要的，以防止病变对周围组织造成更大的影响。
总之，针对牙齿上有洞且疼痛的情况，需要根据具体的表现和牙齿的状况选择合适的处理方法，以达到缓解疼痛、恢复牙齿功能的目的。