孕酮太低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮水平偏低，可能与黄体功能不全有关，比如卵巢黄体发育不全时，就会导致孕酮分泌不足。另外，内分泌失调也是常见原因，像甲状腺功能减退等内分泌疾病，会影响激素的正常调节，进而使得孕酮水平降低。还有些情况是胚胎因素，比如胚胎染色体异常，会影响黄体的正常功能，导致孕酮分泌异常。
黄体功能方面的原因
卵巢黄体发育不全： 正常情况下，卵巢排卵后会形成黄体，黄体能够分泌孕酮。如果卵巢黄体发育不全，其分泌孕酮的能力就会下降，从而导致体内孕酮水平偏低。这种情况在一些排卵功能异常的女性中较为常见。黄体期异常： 黄体期一般持续约14天左右，如果黄体期缩短，那么黄体分泌孕酮的时间也就相应缩短，进而使得孕酮总量不足。例如，黄体期少于10天，就很可能出现孕酮太低的情况。
内分泌系统的影响
甲状腺功能减退： 甲状腺是人体重要的内分泌器官，当发生甲状腺功能减退时，会影响到下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，使得激素分泌紊乱，其中就包括孕酮的分泌受到影响，导致孕酮水平降低。研究发现，约有一定比例的甲状腺功能减退患者会伴随孕酮偏低的情况。其他内分泌疾病： 除了甲状腺功能减退，像高泌乳素血症等内分泌疾病也可能干扰孕酮的正常分泌。高泌乳素血症会抑制下丘脑分泌促性腺激素释放激素，进而影响卵巢的排卵和黄体功能，导致孕酮水平降低。
胚胎相关因素
胚胎染色体异常： 如果胚胎存在染色体异常的情况，会影响母体的黄体功能。因为胚胎发育异常会向母体传递异常信号，使得黄体不能维持正常的分泌功能，从而导致孕酮分泌不足，出现孕酮太低的状况。这种情况在早期妊娠中并不少见，尤其是多次发生自然流产的女性中，胚胎染色体异常导致孕酮低的概率相对较高。胚胎着床异常： 当胚胎着床出现问题时，也会影响孕酮的分泌。例如胚胎着床位置不佳等情况，会使得黄体受到的刺激不足，进而影响孕酮的分泌量，导致孕酮水平偏低。