甲状腺功能减低会对身体多方面造成危害。甲状腺激素对身体代谢等起着重要调节作用，若甲状腺功能减低，约有1/3的患者会出现血脂异常，总胆固醇等水平升高。
对代谢系统的影响
基础代谢率降低：甲状腺功能减低会使基础代谢率下降，患者可能会感觉怕冷，即使在较温暖的环境中也比常人更易出现畏寒表现。而且身体消耗能量减少，可能导致体重增加，部分患者体重会较患病前增加10% - 20%左右。血脂代谢紊乱：如前面所说，甲状腺功能减低时，血脂代谢容易出现问题，胆固醇、甘油三酯等可能升高，长期如此会增加动脉粥样硬化等心血管疾病的发生风险。
对神经系统的影响
记忆力减退：患者常常会出现记忆力下降的情况，尤其是近期记忆力减退较为明显，可能会忘记刚刚发生的事情、刚说过的话等。精神状态改变：容易出现精神萎靡、嗜睡的状态，严重的患者可能整天无精打采，对周围事物缺乏兴趣，影响日常生活和工作。
对心血管系统的影响
心率减慢：甲状腺激素不足会使心脏的跳动频率减慢，部分患者心率可能会低于60次/分钟。长期心率减慢可能会影响心脏的正常功能，导致心脏输出量减少。心包积液：少数甲状腺功能减低患者可能会出现心包积液，少量的心包积液可能没有明显症状，但如果积液量较多，会影响心脏的舒张和收缩功能，出现胸闷、气短等不适症状。
对消化系统的影响
消化功能减弱：患者的胃肠蠕动会减慢，导致消化功能减弱，出现食欲减退的情况，进食量比正常时减少。还可能出现腹胀、便秘等症状，便秘情况较为常见，严重时可能几天才排便一次。