甲状腺炎的治疗需根据不同类型采取相应措施。一般来说，亚急性甲状腺炎多可在数周内自行缓解，但也可能需要药物缓解疼痛等症状；自身免疫性甲状腺炎如桥本甲状腺炎，若甲状腺功能正常通常定期随访即可，若出现甲减则需补充甲状腺激素；感染性甲状腺炎则需针对感染病原体进行治疗。
亚急性甲状腺炎的治疗
疼痛症状明显时： 对于疼痛较明显的亚急性甲状腺炎患者，非甾体抗炎药如阿司匹林、布洛芬等可能有一定效果，能缓解疼痛和发热等症状。一般体温可在用药后1 - 2天内有所下降，疼痛也会逐渐减轻。甲状腺毒症阶段： 如果出现甲状腺毒症表现，如心慌等，可使用β受体阻滞剂，如普萘洛尔来缓解症状，但一般不使用抗甲状腺药物治疗，因为病情通常是自限性的。
自身免疫性甲状腺炎（以桥本甲状腺炎为例）的治疗
甲状腺功能正常时： 对于桥本甲状腺炎患者，若甲状腺功能正常，一般建议每6 - 12个月复查甲状腺功能和甲状腺超声，观察病情变化。此时主要是通过定期监测来了解甲状腺功能状态。甲状腺功能减退时： 当出现甲状腺功能减退，血液中甲状腺激素水平降低，促甲状腺激素升高时，需要补充左甲状腺素钠片来替代治疗，使甲状腺功能维持在正常范围。通常需要长期服用，且需要根据甲状腺功能检查结果调整药物剂量。
感染性甲状腺炎的治疗
细菌感染引起的甲状腺炎： 如果是细菌感染导致的甲状腺炎，需要使用抗生素进行治疗。根据感染的细菌种类选择合适的抗生素，一般需要用药1 - 2周左右，但具体疗程要根据感染控制情况而定。病毒感染引起的甲状腺炎： 对于病毒感染引起的甲状腺炎，如病毒感染导致的甲状腺炎，主要是进行对症支持治疗，同时针对病毒本身一般没有特殊的抗病毒药物，主要是依靠自身免疫力来清除病毒，甲状腺炎相关症状也会随着病毒感染的控制而逐渐缓解。