肛瘘的主要治疗方法是手术，其中挂线疗法应用较为广泛，一般经过规范手术治疗，大部分患者可治愈。
手术治疗方式
肛瘘切开术：适用于低位肛瘘，直接将瘘管全部切开，使其开放愈合。手术相对简单，术后恢复时间一般在2~4周左右，但术后疼痛相对明显。肛瘘切除术：适用于低位单纯性肛瘘，将瘘管及周围病变组织切除后直接缝合创面。该方法愈合相对较快，但对手术操作要求较高，要尽量保证创面愈合良好。挂线疗法：多用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。一般需要10~14天能切开肛瘘，患者痛苦相对较小，对肛门括约肌功能影响较小。
非手术治疗辅助
药物坐浴：可使用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1~2次，每次15~20分钟，能清洁肛门局部，改善血液循环，缓解症状，但不能根治肛瘘。药物抗感染：在肛瘘发作出现感染时，可短期使用抗生素，如头孢类抗生素等，控制感染，但不能替代手术治疗。不过要注意，儿童使用抗生素需谨慎，要在医生指导下根据体重等情况合理选用。
术后护理要点
创面清洁：术后要保持肛门局部清洁，每次排便后最好进行坐浴，尤其是儿童患者，家长要帮助做好肛周清洁工作，避免粪便残留引发感染。饮食调整：术后患者要注意饮食，多吃蔬菜水果等富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，避免便秘或腹泻影响创面愈合。儿童要保证营养均衡，避免食用辛辣刺激性食物。按时复查：患者要按照医生嘱咐按时复查，一般术后1~2周需要到医院进行创面检查，观察愈合情况，儿童患者家长要密切关注孩子术后恢复状况，如有异常及时就医。