肛瘘的治疗方法需根据具体病情选择，一般来说手术是主要的有效治疗方式，如低位肛瘘可通过瘘管切开术治疗，通常术后恢复较快，多数患者能在数周内逐步康复。
手术治疗方式
瘘管切开术： 适用于低位单纯性肛瘘。手术时将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。该方法操作相对简单，术后创面恢复需要一定时间，一般需要2 - 4周左右。挂线疗法： 常用于高位肛瘘。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线后患者一般不会感觉剧烈疼痛，通常需要10 - 14天左右皮筋会脱落，之后创面逐渐愈合。
非手术治疗情况
药物辅助： 急性发作期可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素等，但药物治疗只能暂时缓解症状，不能根治肛瘘。一般是在手术前后辅助使用，帮助控制炎症。坐浴： 可使用温水或1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，每次10 - 15分钟，能清洁肛门局部，促进血液循环，缓解不适症状，但不能治愈肛瘘。
术后注意事项
创面护理： 术后要保持肛门局部清洁，按时换药，观察创面愈合情况。如果出现创面红肿、渗液增多等异常情况要及时就医。饮食调整： 术后应避免食用辛辣、刺激性食物，多吃蔬菜水果等富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，防止大便干结摩擦创面，影响愈合。一般建议每天保证摄入足够的蔬菜和水果，如每天蔬菜摄入量在500克左右，水果200 - 300克。