扁桃体角化症的治疗方式需根据病情轻重等情况来定。一般来说，对于症状较轻且无明显不适的患者，可先观察随访。
局部处理方法
棉签擦拭： 对于个别较明显的角化栓，可使用干净的棉签轻轻擦拭，但要注意操作轻柔，避免损伤扁桃体组织。通常每次擦拭后要注意保持口腔清洁。盐水漱口： 用温盐水漱口也有一定帮助，一般建议每天漱口3 - 4次，每次漱口时间保持在30秒左右，通过盐水的冲刷作用，可能有助于减少角化物质的附着。
药物治疗情况
含漱液： 可以使用一些有消炎作用的含漱液，如氯己定含漱液，它能在一定程度上抑制口腔内的细菌，减轻扁桃体局部的炎症反应，从而缓解因角化症带来的不适，但使用时要按照说明书正确操作。抗生素使用： 如果扁桃体角化症伴有明显的细菌感染迹象，如扁桃体红肿、疼痛较明显等，可能会使用抗生素。但抗生素的使用需要由医生根据具体情况判断，一般不轻易滥用。
手术治疗考量
手术指征： 当扁桃体角化症症状严重，如频繁出现咽部异物感、吞咽困难等，经保守治疗无效时，可能需要考虑手术治疗。一般来说，当角化栓广泛存在且严重影响患者生活质量时，才会考虑手术。手术方式通常是扁桃体切除术，通过切除扁桃体来彻底解决角化问题，但手术是有一定风险的，如出血、感染等，患者需要在医生充分评估后决定是否接受手术。