扁桃体角化症的治疗需根据病情轻重等情况来定。一般来说，对于症状较轻且无明显不适的患者，可先观察随访。
保守治疗方式
局部清洁： 可以使用含漱液来保持口腔清洁，比如常用的复方硼砂含漱液，能帮助减少口腔内细菌等微生物的滋生，减轻局部炎症反应。不过含漱时要注意正确方法，让含漱液在口腔内充分与病变部位接触。增强免疫力： 患者要注意合理作息，保证每天有7~8小时的充足睡眠，同时均衡饮食，多摄入富含维生素的食物，像新鲜的蔬菜（如菠菜、西兰花等）和水果（如苹果、橙子等），通过这些来提高自身免疫力，有助于病情的稳定或恢复。
手术治疗情况
手术指征： 当扁桃体角化症引起明显的咽部异物感、吞咽困难等症状，且经保守治疗无效时，就需要考虑手术治疗。一般年龄在12岁以上，身体状况能耐受手术的患者可以考虑。但如果是儿童患者，要谨慎评估，因为儿童扁桃体还有免疫功能发育的阶段，需综合判断是否手术。手术方式： 常用的手术方式是扁桃体切除术。通过切除扁桃体，彻底去除角化的病变组织。不过术后要注意护理，比如术后当天要吃冷流质食物，像凉的牛奶、藕粉等，避免刺激伤口引起出血，而且要按照医生要求按时复诊，观察伤口恢复情况。
并发症及处理
可能引发的并发症： 扁桃体角化症有时可能会引发邻近组织的炎症，比如引发咽炎，出现咽部疼痛、咽干等症状加重的情况；也有可能影响吞咽功能，导致进食时不适。如果出现并发症，要根据具体情况处理。如果是引发咽炎，可能需要进一步使用消炎药物来控制炎症，如使用青霉素类的抗生素，但具体用药要遵循医生指导。如果是吞咽功能受影响，要注意调整饮食，从软食逐渐过渡到正常饮食，避免过硬、过烫的食物刺激咽部。