脑干梗死是一种较为严重的脑血管疾病，治疗需争分夺秒。一般来说，发病4.5小时内符合条件的患者可考虑静脉溶栓治疗，常用药物为阿替普酶等。
急性期治疗手段
静脉溶栓： 在发病4.5小时内，若患者符合静脉溶栓指征，使用阿替普酶等溶栓药物有机会溶解血栓，恢复脑部血流。但需严格筛选患者，排除出血倾向等禁忌证。动脉取栓： 对于大血管闭塞导致的脑干梗死，发病6-24小时内可考虑动脉取栓治疗，通过导管将血栓取出，改善脑干的血液供应。
药物治疗方面
抗血小板聚集药物： 如阿司匹林，可抑制血小板聚集，预防血栓进一步形成。但有胃肠道出血等风险，需在医生评估下使用。神经保护药物： 常用依达拉奉，能清除自由基，减轻神经细胞的氧化损伤，保护神经功能。
并发症防治
肺炎防治： 脑干梗死患者容易出现吞咽困难，进而引发肺炎。要注意保持呼吸道通畅，必要时可给予鼻饲饮食，预防肺部感染。如果发生肺炎，需根据药敏结果选用合适的抗生素。深静脉血栓防治： 由于患者活动受限，容易发生深静脉血栓。可使用气压治疗仪等物理方法预防，必要时使用抗凝药物，但需警惕出血风险。
康复治疗时机
早期康复介入： 病情稳定后，一般在发病后48-72小时，就可开始康复治疗。包括肢体的被动运动、针灸等，有助于促进神经功能恢复，预防肌肉萎缩和关节僵硬。康复治疗需循序渐进，根据患者的具体情况制定个性化方案。