治疗肠炎效果较好的药物有多种，比如对于细菌感染引起的肠炎，常用诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但18岁以下人群一般不建议使用诺氟沙星，因为可能影响软骨发育。而对于炎症性肠病相关的肠炎，常用氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它能在肠道局部发挥抗炎作用。
细菌感染性肠炎常用药物
诺氟沙星： 属于喹诺酮类抗生素，对肠道常见的大肠杆菌等细菌有较好的抗菌作用，但18岁以下人群由于其可能影响软骨发育，所以不建议使用。黄连素： 也就是小檗碱，对多种细菌如痢疾杆菌、大肠杆菌等有抑制作用，副作用相对较小，可用于轻度的细菌感染性肠炎。
病毒性肠炎的对症药物
蒙脱石散： 它可以在肠道表面形成一层保护膜，吸附肠道内的病毒、细菌等病原体和毒素，起到止泻的作用，儿童也可以安全使用。一般每次用量根据年龄有所不同，儿童1岁以下每日1袋，分3次服用；1 - 2岁每日1 - 2袋，分3次服用；2岁以上每日2 - 3袋，分3次服用。口服补液盐： 病毒性肠炎容易引起脱水和电解质紊乱，口服补液盐能补充丢失的水分和电解质，预防和纠正脱水，儿童应按照说明书准确配制和服用。
炎症性肠病相关肠炎的药物
柳氮磺吡啶： 对于溃疡性结肠炎等炎症性肠病引起的肠炎有一定疗效，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸，5 - 氨基水杨酸能在肠道局部发挥抗炎作用，但可能会引起恶心、呕吐等胃肠道不适。美沙拉嗪： 也是常用于炎症性肠病的氨基水杨酸制剂，作用机制与柳氮磺吡啶类似，但副作用相对较小，可以通过控释剂型使药物在肠道特定部位释放，更好地发挥疗效。