灰指甲可以用抗真菌药物治疗，常用的有外用和口服药物。外用药物如阿莫罗芬搽剂，一般每周使用1-2次，坚持使用3-6个月可能见效；口服药物有伊曲康唑胶囊等，通常需要按疗程服用，一般冲击疗法是吃一周停三周为一个疗程，可能需要2-3个疗程。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：它通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，一般每周使用1-2次。需要注意的是，使用过程中如果出现局部皮肤刺激等不适要及时停药。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲的外用治疗。它能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢。涂抹在病甲处时，要确保覆盖病甲及周围皮肤，每天使用1-2次。不过，对环吡酮胺过敏的人不能使用。
口服抗真菌药
伊曲康唑胶囊：它是脂溶性药物，需要餐后立即服用，以促进吸收。采用冲击疗法时，每次200mg，每天2次，连服1周，然后停药3周，此为一个疗程。一般需要2-3个疗程，在用药前要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响，有严重肝病的患者禁用。特比萘芬片：它可以抑制真菌角鲨烯环氧化酶，从而影响真菌细胞壁的合成。一般每天口服250mg，指甲癣疗程通常需要6-12周，趾甲癣疗程需要12-16周。同样，用药前要关注肝功能情况，肝功能不全者要慎用。
辅助治疗注意事项
在使用药物治疗灰指甲的同时，要注意保持足部的清洁干燥，每天更换袜子，鞋子要透气。尽量避免穿不透气的鞋子，如塑料鞋等。而且，灰指甲具有传染性，要避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。如果同时患有手足癣等其他部位的真菌感染，也要一并治疗，这样才能提高灰指甲的治疗效果，防止灰指甲复发。