毛霉菌病的治疗需尽早进行，通常以抗真菌药物治疗为主。一般来说，常用的抗真菌药物有两性霉素B等。这类药物通过与真菌细胞膜上的固醇结合，改变膜的通透性，进而发挥抗真菌作用。
抗真菌药物选择
两性霉素B：是治疗毛霉菌病的重要药物之一，它能抑制真菌生长。但使用时可能会有一些副作用，如发热、寒战等。泊沙康唑：可用于毛霉菌病的预防和治疗，对于不能耐受两性霉素B的患者可能是一个选择。
手术治疗情况
早期病灶清除：如果患者有局限性的病灶，比如肺部毛霉菌病有局限的坏死组织等情况，早期进行手术切除病灶是很重要的。例如肺部毛霉菌病发现有较大的坏死实变区域，及时手术切除可以去除感染组织，提高治疗效果。清创处理：对于皮肤等部位的毛霉菌病感染，需要进行彻底的清创，清除受感染的组织，防止感染进一步扩散。
基础疾病管理
控制基础病因：如果患者是因为糖尿病等基础疾病导致易患毛霉菌病，那么要严格控制血糖。比如糖尿病患者血糖要尽量控制在合理范围，一般空腹血糖应控制在7mmol/L左右，餐后血糖尽量控制在10mmol/L以下，良好的血糖控制有助于毛霉菌病的治疗和预防复发。免疫功能调节：对于因免疫抑制状态（如长期使用免疫抑制剂等）导致的毛霉菌病患者，需要评估免疫抑制情况，必要时调整免疫抑制剂的使用，以改善患者的免疫状态，利于对抗毛霉菌感染。