畸胎瘤的形成目前医学上认为主要与生殖细胞异常分化等因素有关。一般来说，畸胎瘤的发生是在胚胎发育时期出现了异常情况。
生殖细胞异常分化导致
原始生殖细胞异常： 在胚胎发育早期，原始生殖细胞的分化出现异常，就可能逐渐形成畸胎瘤。原始生殖细胞本应朝着正常的生殖细胞方向发育，但如果出现分化偏差，就为畸胎瘤的形成埋下了隐患。多能细胞异位： 一些具有多向分化潜能的细胞异位生长，这些细胞有分化成多种组织的能力，比如能分化成皮肤、毛发、牙齿、骨骼等组织，当它们异位聚集并异常增殖时，就有可能逐渐形成畸胎瘤。
遗传因素的影响
家族遗传倾向： 部分畸胎瘤的形成与遗传因素有关。有研究发现，某些遗传性综合征可能增加患畸胎瘤的风险。比如一些罕见的遗传综合征患者，发生畸胎瘤的几率相对较高。如果家族中有亲属患过畸胎瘤，那么家族中的其他人患畸胎瘤的风险可能会比普通人群略高一些，但这并不是绝对的，只是有一定的遗传易感性。基因变异作用： 特定基因的变异也可能参与畸胎瘤的形成过程。某些基因的突变或异常表达，会影响细胞的正常分化和增殖调控，使得细胞异常增殖并分化成多种组织，进而形成畸胎瘤。不过目前对于具体哪些基因变异与畸胎瘤形成确切相关还在进一步研究中。
胚胎发育环境因素
母体环境影响： 母体在胚胎发育时期的一些环境因素可能会影响畸胎瘤的形成。比如母体在妊娠早期接触某些不良的化学物质，像一些有毒的工业化学品、农药等，可能会干扰胚胎的正常发育过程，增加畸胎瘤发生的可能性。另外，母体在孕期如果受到感染，尤其是一些病毒感染，也可能对胚胎发育产生不良影响，增加畸胎瘤形成风险。激素水平影响： 胚胎发育时期母体的激素水平也很关键。如果母体激素水平出现异常波动，可能会影响生殖细胞的正常分化和胚胎的正常发育，从而导致畸胎瘤的形成。例如，某些激素水平的失衡可能会促使那些具有多向分化潜能的细胞异常增殖分化。