早上起来肚子疼可能由多种原因引起，主要包括以下这些：
一、受凉：这通常是因为患者晚上睡觉时腹部没有做好保暖，导致腹部受寒。腹部受凉后会使得腹部内壁的血管收缩，进而引发痉挛，于是就会出现早上起来肚子疼的状况。
二、肠道菌群失调：在肠道菌群失调时，会造成患者肠道蠕动速度加快，从而出现早上起来肚子疼的现象。同时，还可能因肠道菌群失调而伴随有便秘、腹泻、口臭等表现。
三、急性肠胃炎：要是患者在前一天进食了不洁净的食物或者刺激性食物等，就会因为受到细菌或病毒等的刺激而产生肚子疼的症状。此外，还可能同时伴有恶心、呕吐、腹泻等情况。
除此之外，像缺血性肠病等其他情况也可能导致患者早上起来肚子疼。所以，当患者出现此症状时，应及时就医进行检查，明确病因后，在医生的指导下进行相应的处理。
总结提示：早上起来肚子疼的原因多样，受凉、肠道菌群失调、急性肠胃炎等较为常见，若出现该症状应尽快就医明确原因并妥善处理。