早上起来肚子疼想上厕所的原因可能有以下几点：
1.夜间腹部受凉：夜间睡眠时，如果腹部受凉，可能会导致胃肠道痉挛，引起肚子疼和想上厕所的症状。
2.饮食因素：如果前一天晚上吃了过多的辛辣、油腻、刺激性食物，或者吃了过多的生冷食物，可能会导致胃肠道不适，引起肚子疼和想上厕所的症状。
3.肠道疾病：如肠炎、肠痉挛、肠梗阻等，都可能导致肚子疼和想上厕所的症状。
4.其他因素：如腹部脏器的炎症、穿孔、破裂等，也可能导致肚子疼和想上厕所的症状。
如果早上起来肚子疼想上厕所的症状持续时间较长或伴有其他症状，如发热、恶心、呕吐、腹泻等，建议及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。