跑完步膝盖两侧疼可能与运动损伤、半月板损伤、创伤性关节炎等情况有关，应依据损伤状况选择保守治疗或手术治疗。
一、运动损伤：主要是在运动时因运动量过大或运动时间过长，致使肌肉、软组织出现损伤。此时需要患者适度休息，并对局部进行按摩。通过冷敷、热敷等处理手段，来缓解局部症状。若疼痛较为显著，可服用布洛芬等止痛药物来改善病情。
二、半月板损伤：若运动较为剧烈，特别是平时不运动的人突然进行高强度运动，就可能导致半月板损伤，进而出现跑完步膝盖两侧疼的情况。对于损伤程度为一度、二度的患者，主要采取保守治疗。进行关节制动，休息3周至4周，同时服用具有活血化瘀、消肿止痛功效的药物，以促进损伤修复。而损伤程度达到三度及以上的患者，可能就需要手术治疗，通过关节镜半月板修复手术来修复受损的半月板。
三、创伤性关节炎：主要和长期过度劳累损伤刺激相关，导致膝关节滑膜组织受损。在运动过程中，可能会刺激病变滑膜而诱发疼痛情况的出现，还可能伴有关节肿胀等表现。确诊病情后，需要患者卧床静养，结合关节热敷、理疗等辅助措施，以及结合氨基葡萄糖、洛索洛芬钠等药物来改善患者病情。
总结概况提示：当跑完步膝盖两侧疼时，要考虑可能存在多种情况，需仔细分辨并根据具体情况进行相应治疗。